Citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr


Sommaire


Zotero, pour cataloguer et exporter ses références bibliographiques

Zotero, qui a des équivalents payants (Mendeley, EndNote…) ou gratuits (JabRef), est un logiciel de gestion bibliographique open source et multiplateforme, dont l’usage est vivement recommandé aux étudiant(e)s et aux chercheuses et chercheurs.
En quelques mots, il s’agit d’un logiciel qui importe, classe, et exporte toutes les références bibliographiques dont vous pouvez avoir besoin. Fini désormais le temps où il fallait saisir manuellement, dans chaque fiche de lecture, dans chaque article et ouvrage, les titres, les auteurs, les numéros de pagination, les éditeurs de chaque référence citée. Vous pouvez importer ces dernières dans Zotero depuis la plupart des OPAC, depuis Google Books, depuis les sites des éditeurs, des revues en ligne, ou encore en saisissant un ISBN ou un DOI.
Une fois vos références importée dans Zotero, corrigées, organisées, vous pouvez leur attribuer des tags, les disposer dans des dossiers, et surtout les exporter vers n’importe quel fichier texte (Word, Markdown, TextEdit, etc.) par simple glisser-déposer, comme dans l’exemple ci-dessous :

Dans la fenêtre du haut, je sélectionne dans Zotero quelques références bibliographiques. Je les dépose, dans la fenêtre du bas, dans un fichier Markdown. Les références sont automatiquement mises en forme selon le style que j’ai préalablement choisi (ici le style mis à disposition par les Presses universitaires de Rennes, qui correspond peu ou prou aux pratiques éditoriales françaises).

Des formations Zotero sont proposées en ligne ou en atelier dans de nombreuses universités ou bibliothèques universitaires. Je vous invite à consulter, en plus du guide d’utilisation mis en ligne sur le site de l’éditeur :

– le carnet Hypothèses Le blog Zotero francophone, très bien conçu pour se familiariser avec les fonctionnalités du logiciels.
– une courte video de l’université de Genève sur Les avantages d’un logiciel de gestion des références
– cette série de tutoriels video de l’URFIST Méditerranée.


Faire dialoguer Zotero avec les éditeurs Markdown

Le glisser-déposer peut être pratique occasionnellement pour insérer une courte bibliographie dans un document.

L’objectif de ce billet est différent. J’explique la façon dont on peut insérer dans un fichier Markdown une clé de citation (citekey) qui correspond à un titre de votre bibliothèque Zotero. Cette clé de citation a plusieurs utilités :

  1. Elle est modulable : insérée dans le corps du texte, elle prendra l’apparence d’une référence brève de type Auteur, date, page. Mais elle contient en réalité toutes les informations bibliographiques du titre cité et pourra les restituer dans l’onglet “References” du volet droit d’Obsidian, ou dans l’onglet “Bibliographie” de Zettlr.
  2. Elle est exportable : lorsque convertirez votre fichier Markdown en un fichier .docx, elle sera mise en forme selon le style de citation choisi. Elle permettra aussi d’inclure automatiquement à la fin de votre document une bibliographie répertoriant toutes les références abrégées citées dans votre texte — j’explique tout cela dans un autre article sur l’import-export de fichiers Markdown.
  3. Enfin, cette clé de citation peut prendre, dans un fichier Markdown, la forme d’un lien hypertexte qui relie chacune des citations d’un ouvrage donné à une fiche bibliographique pouvant contenir des notes de lecture.

L’installation du logiciel Pandoc sur votre ordinateur ainsi qu’une configuration préalable de Zotero, d’Obsidian et de Zettlr sont nécessaires. Mais le gain de temps que procure la méthode de travail ainsi mise en place est précieux!


Installer Pandoc sur son poste de travail

Pandoc est un convertisseur universel de documents qui vous sera notamment utile pour exporter vos fichiers Markdown vers tout autre type de format (Word, PDF, publication HTML, etc.). Ce petit programme est gratuit, open source et multiplateforme. Il est également nécessaire au bon fonctionnement des extensions d’Obsidian que nous installerons ensuite.

Rendez-vous sur cette page pour télécharger et installer le logiciel en suivant pas à pas la procédure indiquée (je recommande l’installation via Homebrew).


Configurer Zotero

Il faut à présent installer dans Zotero le plugin Better BibTex for Zotero qui va générer automatiquement des clés de citation de type @{{citeKey}} pour chacun des ouvrages référencés dans votre bibliothèque. Une clé de citation est un identifiant unique pour chaque livre. Elle est généralement constituée d’une arobase suivie du nom de l’auteur, des trois premiers mots du titre et de la date de publication. La formule des clés peut être modifiée dans le panneau “Better BibTex” des paramètres de Zotero, mais je recommande de le laisser tel quel.

La seconde étape consiste à exporter votre bibliothèque de références Zotero. Pour ce faire, allez dans Fichiers > Exporter la bibliothèque… Choisissez le format CSL JSON et cochez la case “Garder à jour”. Le nom du fichier ne doit comporter ni accent ni espace. Il est recommandé d’enregistrer le fichier .json ainsi généré dans un sous-dossier de la voûte Obsidian nommé /zotero. Ce fichier sera automatiquement mis à jour à chaque modification apportée à votre bibliothèque Zotero, qu’il s’agisse de la correction d’une référence existante, de la création d’une nouvelle entrée, ou de l’ajout d’une note jointe à une référence dans Zotero. Vous n’aurez donc plus à vous préoccuper de ce fichier une fois qu’il sera créé. En ouvrant le panneau “Better BibTex” des paramètres de Zotero, vous pourrez vérifier régulièrement, si vous le souhaitez, le statut de votre export et la date de sa dernière sa mise à jour.


Configurer Obsidian

Il faut à présent installer dans Obsidian deux extensions ou “modules complémentaires”.


Installation de modules complémentaires

La premier se nomme Citations. Ouvrez les Préférences… > Modules complémentaires, et cliquez sur “Parcourir”. Recherchez Citations, installez le module et activez-le. Cette extension vous permettra d’insérer directement dans votre fichier Markdown des références bilbiographiques puisées dans Zotero. Elles prendront l’apparence de clé de citation de type @{{citeKey}}.

Commencez par indiquer dans le panneau de configuration du module le chemin de votre export de bibliothèque Zotero (fichier .json).

Le second module complémentaire à installer s’appelle Pandoc Reference List. Il va ajouter dans l’interface d’Obsidian un onglet très utile pour visualiser (et exporter) les références bibliographiques complètes des ouvrages dont les clés de citation figurent dans le document actif.

Pour installer le module, ouvrez les Préférences… > Modules complémentaires > Parcourir. Rechercher l’extension, installez-la et activez-la.
Ouvrez ensuite, dans les Préférences d’Obsidian, le nouvel onglet “Pandoc Reference List” en bas à gauche. Là, comme précédemment, indiquez le chemin du fichier .json. Vous pouvez aussi choisir le format de citation (fichier .csl) que vous souhaitez utiliser pour afficher les références bibliographiques complètes.

Comme le rappelle Wikipedia, un fichier .csl (Citation Style Language) « décrit comment sont organisées les différentes informations d’une notice bibliographique (auteur, titre d’article, titre de revue, année, numéro de volume, pagination, etc.) et la ponctuation adoptée, pour obéir aux normes d’affichage préconisées par les revues. » Sur ces fichiers et sur la façon de les modifier, je renvoie à ce billet très complet de l’incontournable Blog Zotero francophone, qui est une mine d’informations.

Un fichier .csl déterminera donc la façon dont vos références bibliographiques seront mises en forme. Il en existe des centaines, correspondant aux exigences ou aux habitudes de différentes revues et maisons d’édition internationales. J’utilise notamment dans Obsidian le style des Presses universitaires de Rennes – Archéologie et culture (français), qui dispose d’un style abrégé (en anglais “inline citations”). Cela signifie que les clés de citation insérées dans Obsidian sous la forme @{{citeKey}} se transformeront automatiquement, en mode édition, en une référence abrégée de type Auteur, date à laquelle vous adjoindrez si nécessaire un numéro de page.

Il suffit de saisir le nom du fichier .csl que vous voulez utiliser dans le menu “Citation style” du panneau de configuration du module Pandoc Reference List, puis de le sélectionner. Vous pouvez aussi télécharger sur votre disque dur le .csl qui vous convient depuis la page Zotero Style Repository et le charger dans le module via le menu “Custom citation style”.

Toujours dans ce panneau de configuration, cochez à présent les cases :

  • Hide links in references : dans l’onglet latéral “References”, cela transformera les éventuelles URL (DOI, Jstor, openbooks, etc.) contenues dans vos références bibliographiques complètes en une icône cliquable, pour gagner de la place.
  • Render live preview / reading mode inline citations : cela transformera les clés de citation insérées dans le corps de votre texte Markdown en une référence abrégée, si le style choisi en prévoit une.
  • Process citations in links : vous permet d’inclure aussi dans l’onglet latéral “References” les références bibliographiques insérées sous forme de liens hypertexte, c’est-à-dire entre des crochets doubles.
  • Show citekey tooltips : vous permet de faire apparaître une fenêtre pop-up lorsque vous survolez la clé de citation avec votre curseur. Cette fenêtre mentionne la citation complète et stylée. Je recommande de cocher cette case.

Insérer une citation dans un fichier Markdown

Vous êtes désormais en mesure d’insérer dans votre fichier Markdown des références bibliographiques puisées dans votre gestionnaire Zotero.

Par défaut, il faut passer par l’outil Palette d’Obsidian (⌘+P pour un accès rapide), puis appeler la fonction “Citations: Insert Markdown citation”. S’ouvre un nouveau menu déroulant dans lequel vous saisirez les premières lettres de titre que vous voulez citer. Sélectionnez le titre en question: l’opération insère dans le texte la clé de citation correspondante.

Un conseil : configurez un raccourci clavier pour la fonction citation

Il est bien plus commode de configurer un raccourci clavier pour accéder directement à la fonction de citation plutôt que de passer par la Palette.
Ouvrez les préférences d’Obsidian, puis dans le menu “Raccourcis clavier” saisissez le nom de la fonction recherchée. En face de “Citations: Insert Markdown citation” vous pouvez saisir par exemple la combinaison ⇧+⌘+C.
Ce raccourci, utilisé dans le document actif, appellera immédiatement la barre de saisie des références Zotero.


Citations et numéros de page

Le module Citations permet de configurer deux modèles (ou “templates”) de clés de citation : “primary” et “secondary”.

Il faut tout d’abord préciser que la syntaxe Markdown permet d’insérer trois types de clés de citation :

  • une clé simple, de type @{{citeKey}}
  • une clé entre crochets simples, de type [@{{citeKey}}]
  • et une clé entre crochets doubles, de type [[@{{citeKey}}]]

Chacune a son utilité.

La clé de citation simple, de type@{{citeKey}}, sera insérée dans votre fichier Markdown sous la forme @auteurTitreDate. Obsidian la transformera immédiatement en Auteur (date) si votre style CSL le prévoit.
Vous pourrez la faire suivre d’une virgule et, par exemple, d’un numéro de page qui sera considéré comme extérieur à la citation. Il faudra donc veiller à ajouter l’abréviation “p.” devant le ou les numéros de pagination. Vous verrez d’ailleurs que les pointillés de soulignement s’interrompent après la date, si vous avez coché l’option “Show citekey tooltips” dans la configuration du module Pandoc References List, ce que je conseille (voir le gif ci-dessous).

Deuxième possibilité, la clé de citation entre crochets, de type [@{{citeKey}}], sera insérée dans votre fichier Markdown sous la forme [@auteurTitreDate]. Obsidian la transformera immédiatement en (Auteur, date) si votre style CSL le prévoit. Si, à l’intérieur du crochez, vous faites suivre un numéro de pagination, il sera automatiquement intégré à la citation et interprété comme un numéro de page (voyez comment les pointillez s’étendent jusqu’à la fin de la parenthèse). Il est inutile, dans ce cas, d’ajouter manuellement l’abréviation “p.” devant le numéro de page, car Pandoc restituera automatiquement cette mention au moment de l’export de votre fichier vers un format PDF ou .docx.
Ainsi une référence (Agamben, 1982, 466) dans votre fichier Markdown apparaîtra dans Word sous la forme “(Agamben, 1982, p. 466)”. J’évoque cela dans l’article consacré à la question de l’export des documents .md vers le format .docx.

Troisième et dernier cas, la clé de citation avec crochets doubles, de type [[@{{citeKey}}]], permet d’insérer un lien hypertexte direct vers un fichier Markdown du même nom. Nous verrons dans un prochain billet comment créer automatiquement des fiches de lectures pré-formatées, dont le nom est précisément une clé de citation. Ce type d’insertion peut être pratique si l’on souhaite accéder en un clic, depuis la clé de citation, à la fiche bibliographique dédiée à l’ouvrage cité.

Pour ma part, j’ai configuré le module Citations pour insérer par défaut (“primary”) des clés de citation simple, avec ajout du numéro de page libre, et en mode secondaire (clic+ ou “secondary”) des clés entre crochets simples.
Je réserve l’insertion de lien hypertexte entre crochets doubles à l’en-tête YAML (catégorie “Linklist”), afin de ne pas surcharger le texte de mes notes avec des liens redondants.


Faire dialoguer Zotero et Zettlr

Les utilisateurs de Zettlr sont mieux lotis. Inutile d’installer des modules complémentaires pour insérer des références bibliographiques dans un fichier Markdown. La procédure est toute simple. Allez dans Zettlr > Réglages… et ouvrez onglet “Citations”.

  1. Choisissez le mode de citation souhaité. Contrairement au module Citations d’Obsidian, on ne pourra pas, dans Zettlr, alterner à la volée entre un mode primaire et un mode secondaire de citation.
  2. Renseignez le chemin de votre export de bibliothèque Zotero (.json) et celui du fichier .csl correspondant au format désiré de vos citations. Vous pouvez laisser ces fichiers à l’endroit où vous les avez enregistrés pour les utiliser dans Obsidian, cela n’a aucune importance.

Dans votre note Markdown, appuyez simplement sur la touche @ et renseignez les premières lettres de la clé de citation du texte que vous voulez citer. Le tour est joué!

Vous constaterez que l’onglet “Bibliographie”, situé dans le volet droit de l’interface de Zettlr, répertorie les ouvrages dont les clés de citation figurent dans votre texte.


À suivre…

L’étape suivante consistera à exporter au format .docx un fichier .md comportant des clé de citation, dans le but d’obtenir, en ouvrant le fichier Word ainsi généré, des références abrégées de type Auteur (date) dans le corps du texte et une bibliographie complète en dessous. C’est par ici.

A suivre également, un tutoriel sur la façon de créer automatiquement des fiches bibliographiques à partir des références Zotero. Un bon moyen pour ne plus ficher deux fois le même article ou le même livre par erreur…! 😉 C’est par là.


OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Pierre Musitelli (6 décembre 2023). Citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr. Bibliopea. Consulté le 18 juillet 2024 à l’adresse https://doi.org/10.58079/11up2


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1 réponse

  1. 14/02/2024

    […] avons testé et nous avons retenu deux billets pratiques pour citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr et pour automatiser la création de fiches bibliographiques issues de Zotero dans Obsidian. Ces […]

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