Automatiser la création de fiches bibliographiques dans Obsidian


Sommaire


L’objectif de cet article est de montrer comment on peut générer automatiquement une fiche bibliographique prête à l’emploi à partir des informations contenues dans Zotero. C’est l’une des possibilités offertes par le module complémentaire que nous avons installée dans Obsidian : Citations (voir l’article Citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr).

Dans un second temps, j’expliquerai comment configurer un autre module, BibNotes Formatter, pour obtenir des fiches bibliographiques contenant la liste de tous les passages surlignés dans le PDF associé à la référence Zotero.


Générer une fiche bibliographique avec le module “Citations”


Configurer le module Citations

Dans les Préférences d’Obsidian ouvrez l’onglet Citations. Nous avons déjà configuré précédemment la partie supérieure de cette fenêtre, contenant le chemin vers l’export .json de la bibliothèque Zotero.
Dans la section “Literature note folder”, choisissez le dossier qui accueillera vos fiches bibliographiques (par défaut le module indique “Reading notes”, mais encore faut-il le créer dans votre dossier racine).

La partie inférieure de la fenêtre propose de configurer un “template”, c’est-à-dire un modèle de structure qui va déterminer l’apparence de votre fiche au moment où elle sera automatiquement générée. Pour le nom du document (“Literature note title template”), il est conseillé de conserver l’option par défaut, à savoir la clé de citation @{{citekey}}, qui identifie clairement et brièvement la référence concernée.

Le cadre “Literature note content template” vous permet de paramétrer les différents blocs qui composeront votre note. Par défaut le modèle se limite à proposer un en-tête YAML avec des variables dont le contenu ({{entre accolades}}) sera renseigné automatiquement au moment de la création de la fiche, à partir des données du fichier .json :

---
title: {{title}}
authors: {{authorString}}
year: {{year}}
---

Vous pouvez y ajouter d’autres variables utiles et que vous renseignerez manuellement plus tard, telles que “tags”, “people”, etc.

Sinon, il vous suffit de piocher parmi les éléments proposés dans la section “Template settings” du panneau de configuration du module :

Vous pouvez tout simplement vous contenter d’ajouter sous votre en-tête :

## Mes notes de lecture
[@{{citekey}}]

Quant à la manière dont il faut compléter la section “Markdown citation templates”, je vous renvoie à ce que j’ai écrit au § “Citations et numéros de page” de mon article “Citer ses références bibliographiques avec Zotero”.


Générer une fiche bibliographique

Dans votre éditeur Markdown, appelez la Palette et choisissez la fonction “Citations: Open Literature note”. Choisissez une référence bibliographique dans la barre de saisie. Un nouvelle fiche est créée qui va se loger dans le dossier prédéfini (dans l’exemple ci-dessous : “Notes de lecture”).

Cette fiche bibliographique est destinée, comme son nom l’indique, à réunir et synthétiser les informations relatives à un titre de votre bibliographie Zotero et à héberger vos notes de lecture.

Par exemple, si vous écrivez une note sur l’esthétique de la ruine à la Renaissance et qu’il vous paraît utile de citer l’article d’Agamben sur l’Hypnerotomachia Poliphili de Francesco Colonna :

  1. Au lieu de saisir manuellement la référence bibliographique complète à l’article, avec titre de la revue, date, numéros de pages, etc. – c’est toujours fastidieux -, vous appelez la barre de saisie Zotero (avec le raccourci préalablement configuré: ⇧+⌘+C) ; puis vous sélectionnez l’entrée souhaitée.
  2. Dans votre texte se trouve alors insérée une clé de citation, qui se présente, dans l’onglet “References” de votre volet latéral, sous forme d’une référence bibliographique complète (que vous pouvez copier-coller, au besoin).
  3. De surcroît, si vous avez activé l’option “Show citekey tooltip” du module “Pandoc Reference List”, vous verrez apparaître un menu pop-up lorsque votre curseur survolera la clé de citation. Une icône en forme de page, dans l’angle supérieur droit du menu pop-up, vous indiquera si la fiche bibliographique correspondante existe dans votre répertoire Markdown. Un clic vous permettra d’y accéder, si c’est le cas. L’aller-retour entre la fiche bibliographique et votre note où le texte est cité s’en trouve facilité.

Cette pratique a de nombreux avantages.

  • Il n’a jamais été aussi simple ni aussi rapide de citer tout ce qui provient des lectures qu’on fait.
  • Du point de vue méthodologique, la distinction entre la fiche bibliographique et l’insertion d’une référence bibliographique permet de bien distinguer ce qui relève, d’une part, du travail de lecture et d’annotation d’un texte et, d’autre part, d’une réflexion plus personnelle, nourrie de ces lectures et toujours capable d’en indiquer la provenance.
  • Enfin, les fiches bibliographiques, placées dans un dossier spécifique, sont mises à disposition de tous les projets : elles sont mutualisées grâce au système du lien qui unit la fiche à toutes les citations dont le titre fait l’objet.

Vous pouvez également insérer la clé de citation entre crochets doubles dans la catégorie “Linklist” de votre en-tête YAML pour conserver la trace de toutes les notes dans lesquelles une référence donnée apparaît.


Générer un modèle de fiche avancé avec le module “BibNotes Formatter”

Si vous êtes à l’aise avec les configurations avancées de Zotero et d’Obsidian, passons à la création de fiches plus élaborées.

Le but de cette seconde manipulation est de créer une fiche de synthèse bibliographique qui va récapituler l’ensemble des éléments contenus dans l’entrée Zotero : la référence, le lien vers le PDF ou l’epub hébergé dans Zotero, les notes associées à l’entrée bibliographique, jusqu’aux surlignements du fichier PDF associé.


Se servir de Zotero pour lire et annoter les documents joints

Zotero ne se contente pas de cataloguer des références bibliographiques. Il peut également héberger une copie .pdf (voire .epub) des articles ou des livres référencés. Il suffit de glisser-déposer le PDF sur la référence pour qu’elle lui soit associée. Par la suite, un double-clic sur la référence ouvrira une fenêtre de visualisation du PDF ou de l’epub associé. Par défaut, le document s’ouvre dans le lecteur Zotero intégré.

Réglage des paramètres d’ouverture des pièces jointes dans Zotero > Préférences > Générales > section “Reader”

Si votre PDF est “océrisé” – c’est-à-dire s’il a fait l’objet d’une procédure d’OCR, reconnaissance optique de caractères, qui permet de sélectionner le texte et de l’exporter -, le lecteur intégré à Zotero vous permettra de surligner les passages de votre choix. Chaque citation surlignée sera retranscrite dans le volet latéral gauche de la fenêtre de visualisation et associée à un n° de page précis – de ce point de vue, il vaut mieux éviter les textes scannés en double page.

Sur le lecteur PDF de Zotero et les fonctionnalités apportées par la version 6 de ce logiciel, je vous invite à regarder cette video du site « La boîte à outils des historien·ne·s ».


Configuration de Zotero préalable à la création de la fiche Obsidian

Lorsque le PDF associé à l’entrée bibliographique comporte des éléments surlignés et que vous souhaitez exporter ces données vers votre fiche Obsidian au moment de sa création, il vous faut préalablement générer dans Zotero une nouvelle note (ces petites notes jaunes, ou “notes filles”, associées à un titre) à partir de ces éléments de lecture. Pour cela, sélectionnez la référence bibliographique dans la fenêtre principale de Zotero, cliquez sur la flèche qui permet d’afficher les éléments associés à un titre. Faites un clic-droit sur le document PDF, puis sélectionnez “Ajouter une note depuis les annotations”. Cette opération crée une nouvelle note jointe répertoriant les annotations du pdf (voir ci-dessous).

(Je remercie Frédérique Flamerie, membre de l’équipe de rédaction du blog Zotero francophone, de m’avoir signalé qu’il n’est plus nécessaire d’installer le plugin Zotfile dans Zotero pour exporter les Annotations).

Le contenu de la note sélectionnée s’affiche dans le panneau latéral de droite : dans l’exemple ci-dessus, on voit répertoriés les passages surlignés du PDF. Chaque citation est suivie d’une référence bibliographique de type (Auteur, date, page) qui, lorsqu’on la survole avec le curseur, permet de corriger le texte OCR ou d’ouvrir le document PDF précisément à la page de la citation.
Plusieurs notes jaunes peuvent être associées à une même référence Zotero : les unes contenant par exemple vos annotations exportées, et d’autres vos notes personnelles, l’indication du lieu de conservation de l’ouvrage, une date de lecture, la page à laquelle vous vous êtes interrompu(e), etc. Toutes ces notes peuvent être exportées au moment de la création de votre fiche sous Obsidian. Voici la marche à suivre.

Tout d’abord vérifiez que le plugin Better BibText for Zotero est bien installé – j’en parle dans cet article. Exportez votre bibliothèque Zotero au format Better BibTex JSON sous le nom de votre choix. Notez qu’il s’agit d’un export différent de celui que nous avions fait au moment de l’installation du module Pandoc Reference List pour Obsidian (il s’agissait alors d’un export CSL JSON). Cochez la case « garder à jour » comme ci-dessous.

Ensuite, choisissez un nom de fichier et un répertoire où stocker votre fichier .json.


Configuration préalable d’Obsidian

Passons à présent à Obsidian. Il faut commencer par installer le module BibNotes formatter. Contrairement aux autres extensions que nous avons installées jusqu’à présent, celle-ci n’est pas répertoriée dans le catalogue accessible directement depuis l’application Obsidian. Il faut la télécharger sur la page Github du développeur Stefano Pagliari (à droite, dans la section “Releases”). L’archive décompressée sous la forme d’un dossier bibnotes doit être déposée dans le dossier .obsidian/plugins de votre dossier racine Obsidian. Ce dossier caché est accessible en activant temporairement l’affichage des fichiers cachés de votre système d’exploitation (⇧+⌘+. sur mac).

Étape suivante : ouvrez les Préférences d’Obsidian et cliquez sur l’onglet BibNotes Formatter. Les préférences de ce module complémentaire vont vous permettre d’en configurer précisément le fonctionnement.

  • Commencez par indiquer le chemin de votre export Zotero au format BetterBibTex JSON (il est recommandé de créer ce fichier .json dans un sous-dossier de la voûte Obsidian nommé /zotero).
  • Indiquez le dossier vers lequel vous souhaitez exporter les fiches bibliographiques que vous allez créer (“Export Path”)
  • Quant au titre de vos fichiers (“Note Title”) laissez ou saisissez @{{citeKey}}

Vous pouvez ensuite choisir de personnaliser le “template” des fiches, c’est-à-dire le modèle qui va déterminer la façon dont les fiches seront générées et la disposition des différents blocs d’informations puisées dans Zotero.

Après quelques tâtonnements, en m’aidant des informations glanées sur le forum Obsidian du module BibNotes Formatter, j’ai configuré mon template de la façon suivante (vous pouvez le copier-coller dans le cadre “Custom Template” pour le tester).

---
type: {{itemType}}
author: {{author}}
title: {{title}}
year: {{year}}
tags: {{keywordsAll}}
---

# {{author}} ({{year}}) - {{title}}

***

## Informations bibliographiques 

>[!info] Informations
>- **Type**: {{itemType}}
>- **Author**: {{author}}
>- **Title**: *{{title}}* 
>- **Editor**: {{editor}}
>- **Translator**: {{translator}}
>- **Publisher**: {{publisher}}
>- **Location**: {{place}}
>- **Series**: {{series}}
>- **Series Number**: {{seriesNumber}}
>- **Journal**: *{{publicationTitle}}*
>- **Volume**: {{volume}}
>- **Issue**: {{issue}}
>- **Year**: {{year}} 
>- **Pages**: {{pages}}
>- **DOI**: {{DOI}}
>- **ISBN**: {{ISBN}}

> [!Abstract] Résumé
{{abstractNote}}

> [!Note] Fichier et liens
>- **Url**: {{url}}
>- **Eprint**: {{eprint}}
>- **File**: {{file}}
>- **Local Library**: [Zotero]({{localLibraryLink}})

> [!example] Tags et collections
>- **Zotero tags**: {{keywordsAll}}
>- **Zotero collections**: {{collectionsParent}}

***

## Notes Zotero
{{UserNotes}}

***

## Extraits surlignés dans le pdf
_(Dans Zotero, utiliser "Ajouter une note depuis les annotations")_
{{PDFNotes}}

***

## Mes notes de lecture

Cet template va produire des fiches ainsi construites :

  • Un en-tête YAML
  • Un titre de fichier sur le modèle @{{citeKey}}
  • Un contenu structuré de la manière suivante :

Générer une fiche bibliographique et la mettre à jour

Pour générer une fiche, utiliser l’outil Palette d’Obsidian (⌘+P) et saisissez “BibNotes Formatter: Create/update Literature Note” (vous pouvez attribuer un raccourci pour accéder directement à cette fonction – pour ma part j’utilise ⇧+⌘+B). Sélectionnez ensuite un titre de votre bibliothèque Zotero dans la barre de saisie. Une notification de la console Obsidian vous informe que le fichier a été créé.

Le plugin BibNotes formatter autorise la mise à jour des fiches ainsi générées, dans le but de refléter des changements ultérieurement apportés à la bibliothèque Zotero (car le fichier .json que vous avez exporté reçoit automatiquement ces modifications). Les éléments d’information bibliographique, par exemple une coquille corrigée dans un titre ou dans un numéro de page, seront mis à jour, mais aussi et surtout les “notes filles” des éléments de Zotero, ces petites notes jaunes que l’on peut ajouter à une référence bibliographique. Soyez rassuré : vos propres ajouts, ceux qui dans le modèle que je propose sont consignés dans la section “Mes notes de lectures”, sont conservés.

Prenons un exemple.

1) dans Obsidian
Vous avez créé la fiche bibliographique d’un article et vous y avez noté quelques observations de lecture. Elle vous sert à insérer rapidement la référence dans un brouillon d’article

2) dans Zotero
Plus tard, vous ajoutez à votre bibliothèque Zotero le PDF de cet article, puis vous le surlignez dans Zotero. Avec la fonction “Ajouter une note à partir de mes annotations”, vous exportez alors vos marques de lecture dans une note jointe à la référence. Par ailleurs vous ajoutez une seconde note jaune, dans laquelle vous notez un indication bibliographique.

3) dans Obsidian
Vous pouvez alors mettre à jour votre fiche bibliographique dans Obsidian. Il suffit de relancer la commande “BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note” et de sélectionner à nouveau le titre concerné par la mise à jour. Ou encore d’utiliser la commande “BibNotes Formatter: Update Library” pour mettre à jour l’ensemble des fiches bibliographiques que vous avez déjà générées avec ce module. Vous verrez alors apparaître dans la section ## Extraits surlignés dans le PDF le contenu des surlignements de votre PDF, et dans la section ## Notes Zotero le contenu des autres notes jointes que vous avez ajoutées à la référence.

Le reste de votre fiche bibliographique, et notamment vos notes personnelles contenue dans la section ## Mes notes de lecture, ne sont pas modifiées. Par sécurité, vous pouvez sélectionner l’option “Save Entire Note” dans la section “Save Manual Edits” du panneau de configuration de l’extension.


Observation sur le plugin “Citations”

On trouve sur certains forums des modèles de templates et de configuration qui permettent au module “Citations” d’Obsidian de produire un résultat similaire à celui que je viens de décrire, parfois à partir d’un export BibLaTex de la bibliothèque Zotero (voir le dernier § de cet article). Cela n’a pas fonctionné dans mon cas, mais vous aurez peut-être plus de chance.


Une pratique de lecture et d’annotation

Récapitulons. Quand que je lis un texte qui compte pour ma recherche, je procède de la sorte :

– Je regarde si la référence correcte se trouve dans ma bibliothèque Zotero, si ce n’est pas le cas je l’y ajoute.

– Je génère une fiche bibliographique dans Obsidian avec BibNotes Formatter, qui se trouve stockée dans mon dossier “Notes de lecture” avec toutes les autres (rappel : ⇧+⌘+B)

– C’est sur cette fiche que je reporte mes notes de lecture, les citations et mes commentaires, notamment dans la section ## Mes notes de lecture du document généré. Cela me permet de revenir régulièrement à mes lectures, de reprendre celles que j’avais interrompues, d’enrichir ou de corriger mes fiches – je sais désormais toujours où les retrouver, quel que soit l’usage que j’en fait.

– Lorsque je cite une référence bibliographique, dans un brouillon d’article, dans un projet de communication, ou en rédigeant une note de synthèse, j’insère la clé de citation qui lui correspond avec la commande “Citations: Insert Markdown citation” ou via le raccourci ⇧+⌘+C. Si la fiche bibliographique correspondante existe, la fenêtre pop-up (qui apparaît lorsque le curseur survole la référence) comporte une icône “Page” qui me permet d’accéder directement à ma fiche.

– Si je veux rendre plus évident le lien entre ma note active et la fiche bibliographique du titre auquel je fais référence, j’ajoute un lien direct dans la variable Linklist de mon en-tête YAML.

Cette routine de travail m’aura permis :

  • d’insérer dans le document que je suis en train de rédiger une référence bibliographique abrégée de type @{{citeKey}} qui se transforme en Auteur (date).
  • de faire apparaître dans l’onglet “References” du volet de droite d’Obsidian la référence bibliographique complète et mise en forme selon le style de citation souhaité, que je peux copier en un clic.
  • de disposer dans mon document, grâce à cette clé de citation, d’un accès à la fiche bibliographique correspondance,
  • Si j’ai inséré dans l’en-tête YAML de ma note un lien ([[@{{citeKey}}]] vers la fiche bibliographique, je pourrai visualiser, depuis ladite fiche, l’ensemble des notes qui font référence au titre cité. Ci-dessous, en utilisant la “vue graphique” locale, je vois en un coup d’oeil l’ensemble des notes où j’ai cité un article important de Franco Venturi de 1954 :


Plusieurs configurations possibles

La flexibilité du format Markdown et des éditeurs disponibles permettra à chacun de se construire sa propre routine de travail et d’adopter la méthode de prise de notes et de citation qui lui convient le mieux. Ce qui est présenté ici n’est qu’une possibilité parmi d’autres.
Vous trouverez par exemple sur ce billet de blog une proposition de configuration intéressante pour mettre en relation Obsidian et Zotero et pour générer des modèles de fiches bibliographiques plus sophistiqués encore. L’auteure du billet, Alexandra Phelan, fait appel à des modules Obsidian différents de ceux que j’ai utilisés.

Le plus important est de trouver une solution que l’on soit capable de comprendre et de mettre en œuvre — et j’admets être un peu dépassé par certains modèles présentés dans le billet précédemment cité, ou encore sur le blog Doing History with Zotero and Obsidian — et de s’y tenir, afin d’acquérir des automatismes qui permettent de travailler efficacement.


OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Pierre Musitelli (6 décembre 2023). Automatiser la création de fiches bibliographiques dans Obsidian. Bibliopea. Consulté le 18 juillet 2024 à l’adresse https://doi.org/10.58079/11up4


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3 réponses

  1. Corentin dit :

    Bonjour, merci pour ce billet. Je rencontre un problème quand j’essaye d’accéder à une page précise d’une de mes citations grâce à un hyperlien. Après avoir cliqué, je me retrouve sur zotero, mais le pdf ne s’ouvre pas … Avez-vous une idée du problème que je rencontre ?

    • Bonjour,
      De mon côté, le pdf s’ouvre à la page de la citation. Dans mon fichier markdown, le lien développé de la référence bibliographique se présente ainsi :
      [(Auteur, Date, p. 21)](zotero://open-pdf/library/items/5R99QWVJ?page=21&annotation=UAJJIVG3).
      Je précise que j’utilise le lecteur de pdf intégré à Zotéro.

  1. 14/02/2024

    […] pratiques pour citer ses références bibliographiques avec Zotero dans Obsidian et Zettlr et pour automatiser la création de fiches bibliographiques issues de Zotero dans Obsidian. Ces méthodes utilisent principalement l’extension Better BibTeX pour produire un fichier […]

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